燕麦的主要病害是坚黑穗病、散黑穗病和红叶病；局部地区有秆锈病、冠锈病和叶斑病等。多使用抗病良种及采取播前种子消毒、早播、轮作、排除积水等措施防治。主要害虫有粘虫、地老虎、麦二叉蚜和金针虫等，可通过深翻地、灭草和喷施药剂等防治。野燕麦是世界性的恶性杂草，可通过与中耕作物轮作，剔除种子中的野燕麦种子，或在燕麦地播种前先浅耕使野燕麦发芽，然后整地灭草，再行播种等方法防治，也可采用化学除莠剂。